Trường THCS Nguyễn Huệ được thành lập năm 2004 theo Quyết định ố 2322/QĐ - UBND ngày 16 tháng 8 năm 2004 của Chủ tịch UBND thành phố Quy Nhơn, nằm trên địa bàn khu vực 8, phường Quang Trung, thành phố Quy Nhơn trên cơ ở tách một phần của trường THCS Quang